德州市疾病预防控制中心的前身为德州专区卫生防疫站。
1961年6月,德州专区卫生防疫站成立,建站之初仅有职工17人,借用的10间平房,2辆自行车,1台电冰箱,1台恒温箱就是当时的全部家当。
1967年,德州专区更名为德州地区(德州地区行政公署),组建德州地区卫生防疫站。
1994年12月,随着德州地区改为地级德州市,德州地区卫生防疫站更名为德州市卫生防疫站。
2005年12月,更名为德州市疾病预防控制中心(德州市卫生局卫生监督所),为“一个机构、两块牌子、一套领导班子”模式。
2011年6月更名为德州市疾病预防控制中心。